Ilmu Kimia adalah ilmu yang hakikatnya mempelajari tentang susunan, struktur, sifat dan perubahan pada materi. Dalam Sejarah Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam khusunya jurusan kimia tidak terlepas dari perjalanan panjang sejarah pendidikan di papua khusunya di Universitas Cenderawasih. Diawali dengan adanya Program kerja sama antara Uncen dan CIDA Canada. Kdua institus ini berkolaborasi dalam merintis pendirian Fakultas Matematika dan Ilmu pengetahuan Alam (FMIPA) . Pada tanggal 26 Februari 1998, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam resmi di buka berdasarkan surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan RI.No : 045/O/1998. Pada saat pembukaan , Fakultas MIPA terdiri dari 4 (empat) program studi strata satu ( S1) : Program Studi Matematika , program Studi Biologi, Program Studi Kimia, dan Program studi Fisika. Disinilah awal mulanya jurusan kimia menerapkan sistem pembelajaran yang lebih mendalam agar dapat lebih dipahami oleh mahasiswa nya dari Proses sistem pembelajaran yang lebih baik.