Ilmu Kimia adalah ilmu yang hakikatnya mempelajari tentang susunan, struktur, sifat dan perubahan pada materi. Dalam Sejarah Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam khusunya jurusan kimia  tidak terlepas dari perjalanan panjang sejarah pendidikan di papua khusunya di Universitas Cenderawasih. Diawali dengan adanya Program kerja sama antara Uncen dan CIDA Canada. Kdua institus ini berkolaborasi dalam merintis pendirian Fakultas Matematika dan Ilmu pengetahuan Alam (FMIPA) . Pada tanggal 26 Februari 1998, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam  resmi di buka berdasarkan surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan RI.No : 045/O/1998. Pada saat pembukaan , Fakultas MIPA terdiri dari 4 (empat) program studi strata satu ( S1)   : Program Studi Matematika   , program Studi Biologi, Program Studi Kimia, dan Program studi Fisika.  Disinilah awal mulanya jurusan kimia menerapkan sistem pembelajaran yang lebih mendalam agar dapat lebih dipahami oleh mahasiswa nya dari Proses sistem pembelajaran yang lebih baik.

Dalam perkembangan yang begitu pesat Jurusan kimia mulai merencanakan setiap program kerjasama di bidang yang akan mereka tempuh pada saat mereka menyelesaikan Studi (SI)  dari beberapa bidang diantaranya: Perusahaan industri (nikel, Emas, batubara, dll), Perusahaan Farmasi( Obat-batan), Balai karantina BPOM (Badan Pengawasan Obat dan Makanan) dan Bermitra dengan beberapa Instansi diantaranya : Pemerintah Daerah (Provinsi Papua, Kota Jayapura, dan Kabupaten Kerom), LIPTEK(Lembaga Ilmu Pengetahuan  dan Teknologi),

Swasta : PT. Tanah Sawita(Pabrik Kelapa Sawit), PT.Perkebunan Negara 2 Kab.Keerom, PT. Freeport, CV.Udayasih, CV.Sumber Kasih.

Dari beberapa bidang di atas kimia mulai meningkatkan sistem pembelajaran yang sangat diminati oleh sebgian besar mahasiswa untuk lebih mendalami jurusan kimia yang mereka ambil sesuai dengan Visi dan Misi yang telah mereka tetapkan yaitu:  (Visi: Menjadi Penyelanggara pembelajaran Kimia yang berkualitas  dan sebagai pusat bahan alam Papua)

(Misi: 1.Menghasilkan lulusan yang berkualitas, 2.Menghasilkan Penilitian Bahan Alam Papua untuk pengembangan ilmu pengetahuan dan teknologi, 3.Menjadi pusat informasi bahan alam Papua untuk pengembangan Riset  kimia dan menjawab Kebutuhan)

Program Studi Pendidikan Kimia menunjukan perkembangan sangat pesat baik dalam penelitian, organisasi kemahasiswaan, jumlah mahasiswa, jumlah dosen maupun kegiatan ilmiah tingkat nasional, sehingga memperoleh akreditasi B. Perjuangan program studi pendidikan kimia tidak berhenti begitu saja, melainkan selalu berbenah diri dan mengadakan perubahan-perubahan yang signifikan sehingga dapat mempertahankan akreditasinya pada tahun 2022.